Après avoir vaincu Ares, Kratos est devenu le nouveau dieu de la guerre, malgré le mecontentement des dieux, Kratos avait trouvé une nouvelle famille dans les guerriers spartiates. Les spartiates soutenus par leur nouveau dieu ecrasent de plus en plus de villes et a chaque ville qui tombe, la colère des dieux grandissait. L'histoire commence lorsque Kratos s'apprète à porter le coup final à la ville de Rhodes. A ce moment Zeus ne voulant pas avoir le meme destin qu'Ares trompa Kratos pour le trahir et lui retirer tout ses pouvoirs. Le jeu commence là, l'histoire est battie sur la vengance de Kratos qui veux tuer Zeus et retrouver ses pouvoirs. Il va pour cela traverser nombre d'obstacles et rencontrer énormément de personnages principaux de la mythologie grecque. Kratos va devoir refaire le plein de pouvoir et d'armes pour arriver à ses fins.